まだまだネタはつきない。

今日はポスドクから衝撃的なことを聞いた。
「Infusionって大腸菌大量に使わないとできないの?K君(去年の修士2年)が、効率が悪くって200µl使わないと上手くいかない(コロニーが出ない)って言ってたんだけど。」
衝撃の部分はこの質問の部分じゃなくて、その後半。
200µl !? 
(´Д` )
↑姉さんはこんな顔をしていたに違いない。
心配そうに姉さんの表情を伺っているポスドクに、
「ちゃんと条件検討すれば大腸菌の量なんていくらでも減らせます・・・」と答えておいた。
InFusionは、DNA断片同士を組み換え反応で繋ぐための試薬。これもまた、ちゃんとプロトコルがあるんだが、繋ぐDNAの大きさによって、効率よく繋げられる条件は変わって来る。制限酵素切り貼りでプラスミドを作るより、InFusionでやった方が簡便な場合はあるのだが・・・その簡便さに惹かれて適当に使うと痛い目に合うのだった。
K君はその痛い目に合っていたのだろう。
InFusionは、繋げるDNA達の比率や、反応に使うDNAの全体量が適切ではないと、反応自体が上手くいかなかったり、反応が進んでも変な位置で組み換えが起こってしまう。コロニーが効率よく生えてこない時は、反応が上手くいっておらず、正しい産物を得られないことが多い。
そんな効率の悪いやり方で、Kは正しい配列のコンストラクトが作れていたのだろうか。それとも、作れないまま変な配列のコンストラクトを使って実験していたのだろうか。なんか後者の様な気がするんだが・・・
「制限酵素サイトの位置を気にしなくてよい」というのがInFusionの売りだが・・・反応に使うDNAのモル比に注意しなければならないことに、制限酵素を用いた切り貼りをする際と特に変わりはない。
なんか、うちのラボの奇跡的なプロトコルが引き継がれていく、その現場に立ち会った感じだった。
・・・が、さすがにそれを放置するのはまずいと思った。明日原因の特定くらいはしてあげようと思う。
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今日は今年入ってきたポスドクと長話する機会があって、彼女も大分ラボの雰囲気に驚いている・・・ということを知った。ただ、ラッキーなのは、予め覚悟するように言われて入ってきたところ。
姉さんは薄々、この状況は「たまたま」起きているのではなく、ボスの指導の仕方に問題があって「必然的に」起きていると感じ始めていたのだが、彼女も同じような結論に至っていた。
というか、姉さんよりも色々なところに目をつけて、既に確信に至っているようだった。なんか話し相手ができてよかった。

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