沼。
「一昨年の修士卒業生3人のうち、1人の実験ノートは、一冊まるごと抜けている」
その話を聞いたのは、修士で姉さんが入ってきて間もない時。本人が都合の悪いデータを見せたくないため、又は何かをねつ造したため、意図的に残さなかったのだろう。
直感的に、姉さんはこの研究室の研究体制を疑った。直感といえども、それは「研究内容がマニアックなため、本当に興味を持った学生しか入って来ない傾向にある」という事実を元にした推測も入っていたのだが。やる気を持って入ってきた学生が、卒業するために、ねつ造(完璧なねつ造でないものも含む)の道を選択するというのは・・・本人にとって、精神的にかなりの痛手のはずだからだ。そして、その選択は最終手段であるはずだからだ。
別研究グループのKにそんな話をしたことがある。「そのヒトだけ、魔が差してしまったんじゃないか。そういう学生は、どの研究室でもたまにいる」彼にとってはとるに足らない出来事のようだった。姉さんにとって、その返答は満足いかないもので、そのまま暫く考えていた。そのうち、Kが言った通りなのかも知れないと思い、忘れることにした。今は、Kの研究グループがIグループと研究室という空間を共有しているだけで、異世界に存在することが分かっているため、Kにはそのような返答をしたことが理解できるのだが。
*この研究室には、Kの研究グループと、姉さんの属す研究グループ(Iとする)が存在する。研究内容は全く別。
そう、姉さんは暫く忘れていた。姉さんのプロジェクトの前任者が、結果を摩り替えていたことに気が付くまでは。
その、前任者は、極めてマメで、真面目なヒトだった。会ったことはないが、彼女のノートのとり方や、入学後にとある賞をもらっていることから分かる。その彼女が、最後の最後で結果を摩り替えていた。
最後の最後で、擬陽性の出やすい細胞株に切り替えたり、それで得られたカラの細胞を安定株と称して残して行ったり。結局採れなかったコンストラクトのサンプルは、上手くいったコンストラクトのサンプルに置き換わっていた。
姉さんはそれらの残されたサンプルを解析しなければならなかったのだ。災難。しかし、これは彼女が起こした災難ではない。それが、今の姉さんには分かる。自分を含め、Iグループのメンバーは全員、実験自体が上手くいっていない。皆、面白いように同じレベルで止まっている。
ネガティブデータが出せる人間は、ネガティブなものをポジティブなものとして解析し、時にはpublishする。ネガティブデータすら得られない、となってしまうヒトは、データを摩り替えたり、ねつ造してなんとか卒業する。これが、ポスドク、博士、修士関係なく行われている。後任者は、訳の分からなくなったプロジェクトをそのまま引き継ぐ。それをこれまで繰り返してきたのだろう。そこからは、何の発展もない。確実に、あの実験ノートの件もそこに端を発している。
根は深い。
常識的には、研究していればネガティブデータは出るし、それをネガティブなものとして提示して、考察して、最終的にポジティブな結果を出すための材料にしていくのが普通だが・・・
姉さんが見る限り、Iグループにはそのような道を通ったプロジェクトはない。
セミナーでも、結果ばかりが重視され、いかにしてそこに辿りついたか、というようなことは見過ごされている。実験の過程について、されるべき指摘がされない。飛んでくるのは、指摘ではなく、「その結果はおかしいんじゃないの」程度の、ヤジのようなもの。セミナー以外にも、ボスに研究報告をするチャンスはあるが、アドバイスを貰ったことはない。「研究テーマが多様だから、全てはやっている本人にしか分からない」なんて、唯の言い訳に過ぎない。分野が異なっても指摘できるような、超基本的なことまで見過ごしているのだから。
ポスドク達のレベルも相当低いので、Iグループに入ってくる学生は結局、何か実験をやってみて上手くいかなかった際に、軌道修正するヒントが得られないのである。外部の研究室を訪ねることも許されず、その上、運が悪いことに、この研究分野自体が日本においてはかなり内向き。
マイナーな理学系の研究って、下手するとこういう閉鎖的なグループでのみ行われて、実は変なことしてても他の分野からは気付かれない、なんてことがあるのではないかな。
Iグループに入った学生たちが次々と如何わしいことをするのには、理由があるわけだ。「魔が差した」訳ではなく、この異常空間を抜け出るために、おそらく半脱力状態で、仕方なく意志に反したことを行ったのだ。
姉さんもその延長線上にいる。一人でその状況に立ち向かうのが、可能かどうかは分からない。このプロジェクト自体、前任者も姉さんも真面目に取り組んできたが、元はと言えば、ボスやポスドクが脈絡なく立ちあげたもので、「なぜこの実験をするのに、この配列を選んで合成したのか」というような、答えがあって良いはずのところに、答えが見つからない。実験系を立ち上げる初期に「何を何のために行った」という手の記録もないので、実験が上手くいかなかった際に、原因を見つけに戻れるポイントもない。
始めからこんなことになるのが分かっていれば、実験系の立ち上げを全てやり直せば良かった。頑張れば一年目に完成できただろう。しかし、あのノートの件からここまで気が付くことはできなかった。
気付けば修士で実験できる期間も終わりに近い。
結局試行錯誤して条件を変えて実験を行ってきた。それでも中々結果は出ない。この状況が1年以上続いてしまっていること自体異常である。そんな姉さんは、ボスに、だらしなくて休んでばかりなためにデータがない同期と同類として扱われている。それが全てを物語っている。
沼が広がっている。

オオハナアブ

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ハチさんに見えるかもしれないけど、オオハナアブさんです。
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複眼に特徴的な模様がある。なんかこの群青色の模様がある部分だけ、吸収波長が違うんですかね・・・きっと唯のオシャレとかではないと思う。
この間見つけたベッコウハナアブよりも、少し間の抜けた図体をしていて可愛い。自分って双翅目の昆虫も結構好きなんだな。

森林浴してきました

森林浴してきた。
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どこに言ったかは内緒だが、カラスアゲハとクロアゲハ、アサギマダラ等、大型チョウを頻繁に目にした。
で、もちろん捕獲(虫取り網なし)。
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カラスアゲハのメス。もうちょっと翅とか眺めたかったが、この写真を撮影後、このチョウは姉さんの手を振り切って逃げて行った。ほんと、この大きさだと鳥に見えるよね。
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挙句の果てに。
学会には出ない。というか、出られる状態ではない。ラボで日常的に起きる、有り得ない事態から受けるダメージを最小限に抑えながら、卒業するだけで精一杯であろう状態。ボスにはまだ学会のことについて意志表示していない・・・呆れすぎて話に行くモチベーションが上がらない。
新入りポスドクも「これからも別の場所でサイエンスを続けるなら、何も今無理して出す必要はない」と言ってくれた。決してポジティブなアドバイスではないが、姉さんの進路を踏まえた、心のこもったアドバイス。
自分はむしろ、前任者やその同期のように、データ捏造まがいのことをしたり、それよりも上の代の様に、算数もままならず試薬の使い方を誤ったり(他省略)、、、ということをせず、1つ1つのステップを確実に踏んで、丁寧に修士論文を書きたい。テーマが悪いのはともかく、丁寧にやることに意義があると考えている。

歪んでいる。

目的や原理を一切無視して、適当な実験をして、都合良く見たいものだけを結果として得るヒト達が「優秀」
彼らの下で、頓珍漢なことばかり教えられ、なかなか結果がでないヒト達は「劣等」
上辺だけの基準。
常にその2グループに分けられている。
研究室に入ってすぐに、ポスドクに指導されて行った「条件検討」実験は全く意味のないものだった。それ以降の実験も同様。
スタートポイントが既に間違っていたのだ。
それに気付くのに、独学で一年もかかってしまった。
実験が上手くいかない原因を絞り込もうとしていた私は、「きっちりやりすぎ」ですか。
研究室という団体で暮らしているのにも関わらず、他のメンバーと意味のある学術的な議論はできず、外部の論文だけを頼りに、内向きな研究をせざるを得ない。
自業自得、だろうか。
始めから誰も信用しなければ、そんな議論など期待をしていなければ、このようなことにはならなかった。
そう考えると、悔しい。
でもそんな自分の感情も、激しく歪んだものに思えてくる。

まだまだネタはつきない。

今日はポスドクから衝撃的なことを聞いた。
「Infusionって大腸菌大量に使わないとできないの?K君(去年の修士2年)が、効率が悪くって200µl使わないと上手くいかない(コロニーが出ない)って言ってたんだけど。」
衝撃の部分はこの質問の部分じゃなくて、その後半。
200µl !? 
(´Д` )
↑姉さんはこんな顔をしていたに違いない。
心配そうに姉さんの表情を伺っているポスドクに、
「ちゃんと条件検討すれば大腸菌の量なんていくらでも減らせます・・・」と答えておいた。
InFusionは、DNA断片同士を組み換え反応で繋ぐための試薬。これもまた、ちゃんとプロトコルがあるんだが、繋ぐDNAの大きさによって、効率よく繋げられる条件は変わって来る。制限酵素切り貼りでプラスミドを作るより、InFusionでやった方が簡便な場合はあるのだが・・・その簡便さに惹かれて適当に使うと痛い目に合うのだった。
K君はその痛い目に合っていたのだろう。
InFusionは、繋げるDNA達の比率や、反応に使うDNAの全体量が適切ではないと、反応自体が上手くいかなかったり、反応が進んでも変な位置で組み換えが起こってしまう。コロニーが効率よく生えてこない時は、反応が上手くいっておらず、正しい産物を得られないことが多い。
そんな効率の悪いやり方で、Kは正しい配列のコンストラクトが作れていたのだろうか。それとも、作れないまま変な配列のコンストラクトを使って実験していたのだろうか。なんか後者の様な気がするんだが・・・
「制限酵素サイトの位置を気にしなくてよい」というのがInFusionの売りだが・・・反応に使うDNAのモル比に注意しなければならないことに、制限酵素を用いた切り貼りをする際と特に変わりはない。
なんか、うちのラボの奇跡的なプロトコルが引き継がれていく、その現場に立ち会った感じだった。
・・・が、さすがにそれを放置するのはまずいと思った。明日原因の特定くらいはしてあげようと思う。
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今日は今年入ってきたポスドクと長話する機会があって、彼女も大分ラボの雰囲気に驚いている・・・ということを知った。ただ、ラッキーなのは、予め覚悟するように言われて入ってきたところ。
姉さんは薄々、この状況は「たまたま」起きているのではなく、ボスの指導の仕方に問題があって「必然的に」起きていると感じ始めていたのだが、彼女も同じような結論に至っていた。
というか、姉さんよりも色々なところに目をつけて、既に確信に至っているようだった。なんか話し相手ができてよかった。

人間不信と、自分しか信じないということの違い

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トックリバチさんの巣。
「科学者は自分しか信じない」みたいな話は良く聞くが、それは周りのヒトが根本的におかしなことばかりしてて、最終的に人間不信に陥るのとは別の話ではないかな。
まぁでも、研究室内では他のヒトを当てにする、というようなスタイルはもう卒業した方が良いみたいですね。根本的におかしいと直感で感じた時には、その直感を当てにする方が、ましな未来が待っていそうです。
もっとムシの写真が撮りたいのだが、暑くてなかなか日中外を歩けない。

飼い亀に追われる

うちのペットは自己主張が強い。
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カメのジロも、言いたいことは言うタイプだ。
一週間あまり構ってあげず、甲羅干しも満足にさせてあげないと、水槽から出した途端に飼い主を追いまわして不満をアピールする。
シイタケ君は、最近オスらしくなりほぼ常に発情しているせいか、あまりその手の不満を感じないようだ。
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自分が習った培養細胞関係のプロトコルが間違っていたことをきっかけに、ここへきて習った培養細胞の扱い方を全て見なおした。なんか、根本的なことが酷く間違っていることが分かった。それが違うと、実験結果に大きく響くんではないか?というようなこと。
「作業仮説に合った結果が得られているから」「できちゃってるから」良いや、という風に、原理も何も勉強せずに実験を進めていくと、その過程で何のために、何をどう最適化して、何がどう変わったか、というのは完璧に無視される。当然再現性はない。それが、あのポスドク達のやり方。
そういうスタイルでやっているヒトは、他のヒトを指導できないし、姉さんはさせるべきではないと思う。もしもチームワークに重きが置かれる環境なら、そういうヒトは当然問題視されるのだが、研究が完ぺきな個人プレーになり、あまりに人的交流(内部・外部共に)が少ない環境でそれをやっていると、訳の分からない自己流でやることがむしろ普通になってしまうようだ。
それで、ボスは部下の実験結果しかチェックせず、肝心の実験過程をあまり見ていない。もしくは、実験過程が大事だと思っているのに、コミュニケーション不足でそれが伝わらない。さらに、自分の知識でカバーできないところまで研究テーマを広げてしまっている、となると・・・結果的に研究室の雰囲気や技術的レベルがどうなるかは分かっている。
これは予測される事態なのではないかな。
それで、姉さんがやっているように、学生が「自分の身は自分で護る」的なことをせざるを得なくなる。

ムシを見て楽しむ。

ムシの形、模様、仕草全てがアート。ムシさん達はそれらを最大限に魅せる努力を日々怠らない。
そんなムシさんアートを、こちらも最大限に楽しみたい。そんな気持ちで最近は写真を撮っている。
今回の主役はサザナミスズメさん達。
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サザナミスズメさんの様に、背中に斜め模様が入っている幼虫は、ほぼ常に葉の裏についている。その斜め模様は葉裏の葉脈に、尾角は葉柄に似ているので、一見すると、裏側を表にして巻きあがった葉の様に見える。それが彼らの狙いだろう。頭部の白い縁取りは、葉の先端部分に似せるための工夫。刺激を与えると、その縁取りが背中の斜め線と並行になるような姿勢で静止するのでそう考えている。
それにしても、夢中で葉を食べているイモムシって可愛いよね。
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つい最近、同じ専攻の留学生と研究環境の話をしていて、彼が姉さんと全く同じ疑問や不満を抱いていることを知った。このトピックに関して話し合える相手が、なんと同じ研究棟にいたわけである・・・
自分だけがおかしいと思い込んでいたけれど、そうではないということですね。

信じられん出来事。

復帰してから、自分の研究テーマで扱う実験の1番大事なアッセイが、どうして上手くいかないのか検証していた。上手くいったのは、研究室に来て初めてやった回のみ。原因として目をつけていた現象があったのだが、とある実験をして、その現象や自分の体調が悪かったことは原因ではないと気がついたのが復帰して二ヶ月後のこと。
最後に考えられることとして残ったのが、細胞のトランスフェクション方法が最適でない、ということだった。そもそも、トランスフェクションすること自体で細胞が大量死(それくらい死んでも普通、とか言われたら初心者には分からないというのがポイントだが)するし、同じアッセイを行い充分な結果を出している他のグループと比較し、トランスフェクション効率が上がるからという理由で五倍量ものプラスミドを消費することになっている辺りが怪しかった。・・・初めてやった回が上手くいったように見え、その手順に間違いがないと思っていたため、その結論に辿り着くのに時間を要してしまったが。
始めは、用いているトランスフェクション試薬がそのアッセイに最適なものではないかも知れないと考え、同じアッセイを行っているグループの論文をひたすら読み、特定の会社の特定のトランスフェクション試薬を使わないといけない、という拘束はないことが分かった。まだ、ここではプロトコル自体が間違っているなんて思いもしなかった。何故なら、それを自分に教えたポスドク達、テクニシャンも同じ方法でトランスフェクション試薬を日常的に使っているし、また書くけど、初回が上手くいったように見えたから。しかし、消去法で、プロトコルに問題があるとしか思えないところまで到達したのだった。
取りあえず、他のグループが用いている試薬のマニュアルを読み、原理とトランスフェクション方法を比較し、二種類あることを学び、両者の違いと、というか両者がはっきり違うということを知り、自分の試薬がどちらに属するのか調べた。
それで初めて、自分が習った方法(及び前任者とその前任者を教えた今は居ないポスドクと、現在うちのラボのヒト達が用いている方法)が劇的に間違っていることが発覚。
その、前任者がついていたポスドクが両者の原理を混同し、訳の分からないハイブリッド的なプロトコルを作り、それを勉強不足のポスドク達が盲目的に信じ込んで使っているらしい。それを自分も教わったのだ。
結論として、そのプロトコルに従うと、マニュアルで殆どの細胞種において最適とされている試薬とプラスミド量では、トランスフェクション効率が非常に悪くなるため、それを向上させるために倍以上の試薬とプラスミドを消費することになる。そして、必要ない培地交換のステップが入り、既に試薬の毒性に参っている細胞に乾燥ストレスがかかることで、細胞がこれ以上ないくらいのダメージを受けるのだ。
そのハイブリッドプロトコルができた理由が、前任者の実験ノートにメモってあった。アホらし過ぎて、ここには書かない。まず、試薬のプロトコルを読んでいない、動物細胞へのトランスフェクション原理がちっとも分かっていないことがバレバレ。あげくの果てには算数すらできていない・・・
前任者はついていたポスドクに言われたことをメモ書きしたのだろう。そして、そのポスドクはこの研究室にずいぶん前から、かなり長い間いたはず。そう考えると、この研究室の構成員の頭のレベルが当初から非常にアレだったことになる・・・「悪い」という意味ではなく、研究活動を行う上で頭がアレなのだ。そして、こんなアレなポスドク達を信用しているボス。アレなポスドク達を信用しろと言ってくるボス。
姉さんはもうとある人物を除いて、この研究室のメンバー全員が信用できなくなった。この人達、コミュニケーション不足の塊だし、実験原理も分からないヒトが大半を占める、何がしたいのか分からない集団ですよ。実験機器の使い方や、他のメンバーに対する配慮は、アメリカのラボ(平均的な。)をしのぐ悪さだし。学部の時にお世話になった助手たちがいたら激怒するだろう。
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結局、この研究室に来て、必要なディスカッションが周囲とできたか?テクニカルな疑問に答えてもらえたか?というか、基本的な実験の指導をしてもらったか?
答えは全部Noだ。分野外の准教授に時々超基本的なことを教えてもらいにいっているだけだ・・・
おまけに、前任者もそのポスドクもちゃんと論文読んでないし、そのアッセイ系が、数10年で大分改良された背景みたいなのも理解してなかったんだ・・・論文にaccording to the manufacturer’s procedureとか書いている人達が、実はそのprocedureってやつを読んだことが無く、それに従って実験を行っていなかった・・・こんなことを考えていたら、しばし放心状態に。
まぁ、bright sideもありますが。
1つは、時間切れになる前に、間違いが分かったこと。
2つ目は、ラボに来た時よりは、細胞への遺伝子導入(原理が、というわけではなく、英語で言えばfamiliar withと言う感覚)について知っていて、マニュアルを読んだ時に試薬の種類とその使い方の違いについてすぐに想像でき、理解できたこと。実は、ラボに来たばかりの時にマニュアルを読んだのだが、いまいち理解できなかったのでポスドクが言うことを信じてしまったのだ。
3つ目は、先行研究結果をムシできること。
で、学習したことは
・ポスドクの言うことは全て聞き流す(まともなことは言ってこない。議論をする時間も無駄。)
・このボスはもう手遅れだから、軽くあしらわないといけない。
・知らない、もしくは知っているような気がしても新しい試薬を使う時はマニュアルをまず読む。理解できなかったら、理解できるヒトを探し当て(たとえ他の研究室を当たらなければならなくとも)、説明してもらう。
・まずはマニュアル通りに試薬を使う。最適化もマニュアルに従って行う。(マニュアルに固執しすぎ、って思うかも知れないけど、初回はマニュアルに固執しておかないと、何か上手くいかなくなった時にトラブルシューティングができません。ていうか、この研究室のポスドク達のように、上手くいっていないことすら気が付かないなんてことになり得るのです。)
はい。沢山ありました。
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この研究室に来て、初めてマニュアル通りに試薬を使って行ったアッセイ。トランスフェクション効率はフツーに高く、細胞は最適な状態の時にトランスフェクションしてあげれば、殆ど死なない・・・!これなら結果にブレは殆ど生じないはずである。今までどれだけの時間とリソースを無駄にしたのだろう。
自分の実験結果を一通り整理してから、ポスドク達の間違いを指摘するか。
でも、こんなショックな出来事があっても、そのショックに浸るのは一日で済んだな・・・今までで最短の記録。慣れたのだと思う、このような状況に。タイターが高いコンピテントセルを調製しようとするだけで、ポスドク達に「そんなことする必要あるの?」と言わんばかりの白い目で見られるのだから。「いいですよ、別に。コンストラクションの時とか長い断片のTA cloningの時に、コロニーが出なくても知りませんからね」と言ってやりたい。
そういえば、ラボマニュアルのコンピテントセル作成プロトコル(何年も前の博士学生によって作成されたらしい)も、無駄な作業が多く、慣れていないヒトがやったら、その作業量のせいでタイターが落ちそうなものだった。そういうのを見ても、やはりこの研究室は発足当時から・・・と思ってしまう。
で、あえて、コンピテントセルの件は指摘しないでおこうと思う。指摘して、また面倒なポスドクに絡まれるのに時間を費やすような余裕はもうないのだから。
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テクニカルな単語が多くて、何の話だかさっぱり分からなかった皆さんへ。姉さんが言いたかったのは、コックさんと呼ばれる人達が、味噌汁とごはんを自分で作れなかったら(その原理も分からなかったら)、応用系の料理は作れないし、実質コックさんじゃないよ、ということです。